在林業科學研究中，楊樹作為重要的模式樹種和經濟樹種，其生長發育、抗逆性及木材形成的分子機制一直是研究熱點。而解析轉錄因子與靶基因的相互作用，是解鎖這些機制的關鍵。近期，北京林業大學張德強團隊、山西農業大學王升級團隊的3項楊樹研究成果（發表于New Phytologist、Industrial Crops & Products）均采用我司DAP-seq技術，為楊樹基因調控研究提供了核心支撐，該技術無需特異性抗體、無需轉基因材料，即可高通量檢測轉錄因子在全基因組結合位點，為楊樹基因調控研究提供了高效技術解決方案，充分驗證了其在林業分子生物學研究中的應用潛力。

1.Phylostratigraphic analysis revealed that ancient ohnologue PtoWRKY53 innovated a vascular transcription regulatory network in Populus

2.ERF194 regulates poplar leaf development via the starch and sucrose metabolism under natural environments

3.PagHSF4 mediates the biosynthesis of jasmonic acid and plant hormone signal transduction to regulate the growth and development as well as salt stress tolerance of poplar

DAP-seq優勢一：精準定位靶基因，解鎖轉錄因子調控機制

轉錄因子通過結合靶基因啟動子區域的順式作用元件調控基因表達，傳統方法難以高效捕捉這種直接相互作用，而DAP-seq能在全基因組范圍內精準篩選轉錄因子的結合位點，為解析調控機制提供“直接證據"。

在北京林業大學張德強團隊關于楊樹次生維管系統進化的研究中，為明確PtoWRKY53的下游靶基因，通過DAP-seq技術，在全基因組范圍內篩選到464個PtoWRKY53的潛在結合位點，其中核心順式元件W-box（TTGAC）被精準識別。進一步分析發現，PtoWRKY53可直接結合PtoCESA3基因的啟動子區域，通過抑制該基因表達調控木質部次生壁合成——這一關鍵發現，正是基于DAP-seq對“轉錄因子-靶基因"直接互作的精準定位，為揭示楊樹次生維管系統進化的分子機制提供了核心依據。

山西農大王升級團隊在研究ERF194調控楊樹葉片發育時，同樣借助DAP-seq技術，發現ERF194可識別并結合LTRE（YCACCGACMHH）和SORLIP1（CCDCCRCCRCC）兩種順式元件，進而鎖定下游靶基因HKL1。后續實驗證實，ERF194通過激活HKL1表達，抑制淀粉-蔗糖代謝通路中的α,α-海藻糖和6-磷酸海藻糖合成，最終影響葉片形態——這一調控通路的解析，始于DAP-seq對ERF194靶基因及結合元件的精準挖掘。

DAP-seq優勢二：覆蓋多個研究方向，助力楊樹機制解析

無論是生長發育調控、次生代謝通路，還是抗逆響應機制，DAP-seq技術都能適配不同研究場景，為楊樹各類生物學問題的解析提供有力工具，展現出較強的應用靈活性。

1. 生長發育調控

在PagHSF4調控楊樹生長與鹽脅迫響應的研究中，DAP-seq技術發揮了關鍵作用。通過全基因組掃描，發現PagHSF4可結合熱休克元件（HSE），并篩選到LHY2、PIF3等7個核心靶基因，這些基因分別參與晝夜節律調控、光信號傳導等過程。結合轉錄組數據進一步驗證，明確PagHSF4通過抑制這些靶基因表達，同時調控茉莉酸 biosynthesis通路，最終影響楊樹株高、葉片形態及鹽脅迫耐受性——該研究證明，DAP-seq能有效串聯“轉錄因子-靶基因-生理表型"，助力生長發育機制的系統解析。

2. 次生代謝與木材形成

楊樹次生維管系統（尤其是木質部）的發育直接決定木材產量和品質。張德強團隊的研究中，DAP-seq不僅定位了PtoWRKY53-PtoCESA3這一關鍵調控模塊，還發現該模塊是楊樹存在的轉錄調控機制（擬南芥CESA3啟動子無W-box元件）。這一發現為理解楊樹木材形成的物種特異性調控網絡提供了新視角，也為木材改良分子育種提供了潛在靶點——而這一切的起點，正是DAP-seq對轉錄因子結合位點的全基因組挖掘。

3. 抗逆與環境適應

在ERF194調控楊樹抗旱、PagHSF4調控鹽脅迫響應的研究中，DAP-seq技術幫助研究者快速鎖定抗逆相關靶基因。例如，ERF194的DAP-seq數據顯示其靶基因富集于“淀粉-蔗糖代謝"“植物激素信號傳導"通路，這些通路與植物抗旱過程中的碳分配、脅迫信號傳遞密切相關；PagHSF4的DAP-seq結果則揭示其通過調控ABA信號通路相關靶基因影響氣孔閉合，進而參與鹽脅迫響應——DAP-seq為解析楊樹抗逆分子機制提供了高效的靶基因篩選手段。

DAP-seq優勢三：銜接多組學分析，構建完整調控網絡

現代生物學研究依賴多組學整合分析，DAP-seq產生的全基因組結合位點數據，可與轉錄組、代謝組等數據深度聯動，構建“轉錄因子-靶基因-代謝物-表型"的完整調控網絡，讓研究結論更系統、更具說服力。

山西農大團隊在研究ERF194時，將DAP-seq篩選到的15152個結合峰（涉及6127個啟動子區域）與轉錄組差異表達基因（DEGs）關聯分析，最終鎖定287個核心候選基因，其中6個參與淀粉-蔗糖代謝通路；再結合代謝組中α,α-海藻糖、6-磷酸海藻糖的含量變化，成功構建“ERF194-HKL1-淀粉蔗糖代謝-葉片發育"的調控通路。

北京林業大學團隊則通過DAP-seq與共表達網絡分析結合，發現PtoWRKY53與29個PS1（古老進化層）基因協同作用，形成新的木質部轉錄調控網絡，解釋了古老基因通過全基因組復制創新調控功能的進化機制——這些研究充分證明，DAP-seq是多組學整合分析中的“關鍵紐帶"，能有效串聯不同維度的數據，推動研究從“單一基因分析"走向“系統網絡解析"。

此次3篇楊樹高水平研究均采用我司DAP-seq技術，不僅驗證了該技術在林業研究中的可靠性，更體現了我們為科研團隊提供優質技術服務的能力。未來，我們將持續優化DAP-seq技術流程，針對林業樹種的基因組特點提供更精準、高效的解決方案，助力更多研究者解析樹木生長發育、抗逆、次生代謝的分子機制，為林業分子育種、生態保護等領域的創新突破提供技術支撐！

如果您也在開展樹木基因調控相關研究，需要精準篩選轉錄因子靶基因，歡迎聯系我們，讓DAP-seq技術為您的研究加速！

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