凝膠遷移或電泳遷移率實驗(electrophoreticmobilityshiftassay,EMSA)是一種體外研究DNA結合蛋白（轉錄因子）和其相關的DNA結合序列（靶標基因的啟動子序列）相互作用的技術，可用于定性和定量分析。

　　通用蛋白質-DNA結合分析試劑盒（比色），用于測量核提取物中轉錄因子與DNA結合活性。在實驗中，含有靶向轉錄因子的DNA結合共有序列的標記的雙鏈寡核苷酸（寡核苷酸）與結合試驗緩沖液中的核提取物一起溫育。核提取物中活性形式的轉錄因子與其共有序列結合。然后將寡蛋白復合物捕獲到測定微孔上。靶蛋白可以通過高親和力抗體識別，并通過檢測抗體-顯色試劑反應系統進行比色測量。

　　EMSA實驗根據實驗方案設計的不同，分為驗證型EMSA、競爭型EMSA、超遷移EMSA。

　　一、驗證型EMSA

　　用于驗證探針是否含有可與蛋白質結合的位點。

　　探針與純化蛋白混合孵育，探針與蛋白結合與否，可以直接表明探針和蛋白的互做關系。蛋白提取液中蛋白質混雜，種類不單一，探針可能與多種蛋白結合。因此，探針與蛋白提取液混合孵育，可以驗證探針上是否含有蛋白結合位點，但是無法得知是何種蛋白與探針結合。

　　二、競爭型EMSA

　　與探針序列相同，不含修飾基團的DNA的片段稱為冷探針。

　　在探針與蛋白質混合液中加入大量冷探針，冷探針含有和探針相同的DNA序列，會干擾探針與蛋白的結合。在電泳圖的相應位置處，電泳帶的的信號減弱或消失。

　　探針和蛋白的結合未必是特異性結合，或者蛋白本身可能含有，二者均能產生假陽性的實驗結果。增加一個冷探針的干擾實驗，可以排除假陽性結果，增加實驗結果的準確性。

　　三、超遷移EMSA

　　超遷移EMSA利用到了與待檢測的目的蛋白特異性結合的抗體。

　　如果蛋白質溶液不是單一的純化蛋白，無論是驗證型EMSA，還是競爭型EMSA，都無法證明和探針結合的蛋白質就是我們所預期的。在實驗體系中引入特異性抗體，用抗體特異性地結合蛋白-探針復合物，這就是超遷移EMSA。

　　蛋白-探針復合物被抗體識別并結合，該三聚復合物在凝膠電泳中，遷移速率再次增大，電泳帶出現在蛋白-探針復合物的上方。

　　超遷移EMSA是以競爭型EMSA為基礎的實驗方案。超遷移EMSA的實驗結果可以很好的驗證探針是否和蛋白結合，是否是特異性結合，與探針結合的蛋白是否是預期的蛋白質。